Gustavsson, Larisa
DNA kartläggning av svenska mandatsorter av äpple: resistens mot fruktträdskräfta (Nectria galligena)
Se Bilaga
Ytterligare ett 100-tal träd av svenska mandatsorter kommer att analyseras med SSR DNA-markörer. Merparten av det praktiska arbetet ska liksom tidigare bedrivas på DNA-laboratoriet på Balsgård, med kompletteringar (separation av mikrosatellit-alleler i sekvensieringsmaskin) på Klinisk kemi avdelningen vid Malmö akademiska sjukhus.
Arbetet kommer att omfatta insamling av blad, extrahering av DNA, PCR uppförökning och storleksbestämning av särskilda DNA-fragment. Ett standard set of SSR primers adopted by the European working group of apple genetic resources (Guarino & al. 2006) ska användas även i detta projekt. Varje sort kommer att få ett eget s.k. molekylärt passport, med noggrann identifiering av alla enskilda alleler i vart och ett av våra analyserade SSR DNA loci. Dessa data kommer att läggas in i en gemensam europeisk databas. Vid problematiska sortbestämningar i exempelvis klonarkiven, ska man därmed i framtiden lätt kunna jämföra med ett 'facit' där varje sort representeras av sin unika DNA profil. Detta kommer i sin tur att säkerställa att endast korrekt identifierat material lämnas ut till olika användare, t ex forskare, växtförädlare, plantskolister, odlare, och övriga intressenter.
Under år 2007 har vid SLU-Balsgård utförts DNA-identifiering av 120 genotyper av äpple från Fredriksdal (FR), Munkagårdsgymnasiet (MU), Brunstorps gård (BR), sortsamlingen på Elitplantstationen (EPS) och på Julita (JU). Under år 2008 fortsatte vi att DNA-kartlägga sortsamlingen på Julita (JU). Dessutom analyserades äpplegenotyper från Capellagården (CA), Genbanken Alntorps ö (ALN), Ekebyhov (EBH) och von Echstedska apelgården (ECH).
På Balsgårds laboratorium har vi extraherat DNA från alla insamlade blad. PCR-reaktioner av mikrosatellit-DNA utfördes med 11 primerpar, som amplifierade 12 lokus. Vi har analyserat PCR-produkter från sammanlagt 134 genotyper. Alla alleler är avlästa och dokumenterade. Då DNA av 22 sorter var nedbrutet, vi var tvungna att köra om ett antal PCR-reaktioner, eftersom DNA-profiler inte var tillräckligt tydliga. Alla analyser är utförda, men inte alla resultat har kommit ännu från Malmö akademiska sjukhuset, och därför finns det fortfarande några luckor i sammanfattningstabellen (se Bilaga, Tabell 1). Dessa kommer att bli ifyllda inom kort.
Äpple är ett vegetativt förökat växtslag och därför alla träd av samma sort ska ha identiska DNA-bandmönster. I de fall, där det fanns samma sort i flera olika klonarkiv, har vi tagit prov på alla ställen. Vi har även fortsatt att jämföra DNA-profiler av mandatsorter från Balsgårds samling (framtagna tidigare) med DNA-profiler av samma sorter från klonarkiven. Även om för många sorter stämde DNA-profiler väl överens i olika klonarkiv och på Balsgård, har vi genom dessa jämförelser hittat flera fall där träd med olika namn hade identiska DNA-profiler eller där träd med samma namn hade olika DNA-bandmönster. Alla dessa fall är beskrivna i Bilagan (projektredovisning) och måste belysas och diskuteras under klonarkivsvärdsträffar. Vi har med hjälp av klonarkivsvärdar kunnat fastställa att till exempel ett träd märkt som Hornsberg på Fredriksdal är ett träd av Hanaskog och att ett träd av Eva-Lotta på Capellagården är ett träd av Alice. Vi har tidigare upptäckt flera sorter, som visade tecken på triploidi. För 4 sorter blev triploidin bekräftad.
Våra resultat pekar på att det behövs en djupare diskussion mellan forskare, POM, klonarkivsvärdar och pomologer för att korrekt fastställa sorternas identitet.